Formatar um PenDrive pelo Diskpart
Primeiramnte acesse o CMD e digite: diskpart

Listar os discos disponíveis
digite: list disk

Selecione o disco desejado para formatar (Nesse exemplo vou escolher o disco 1)
digite: select disk 1

Para excluir e limpar o disco digite: clean

Crie uma nova partição
digite: create partition primary

Formatar o disco
digite: format quick fs=ntfs

O seu PenDrive foi formatado com sucesso!